Он очнулся на заброшенном пляже. Он ничего не помнит и единственная его зацепка - знак XIII, вытатуированный на груди и ключ от сейфа в банке Нью-Йорка. Впереди его ждет смертельные загадки прошлого и темнейшие коридоры власти Америки.
Не зная своего прошлого и не ведя о будущем, он пытается разгадать тайну своей личности. Кто он? Политический убийца, оборвавший своей пулей жизнь 43 президента США? Пешка в чьей-то беспринципной и безжалостной игре? Рефлексы профессионального спецназовца, белое пятно в памяти и дикое желание выжить - вот весь его арсенал. Отправная точка его действий - цифра XIII…

События Red Faction: Armageddon происходят спустя полстолетия после восстания и освобождения Марса от Сил Земной Защиты. Однако мир на красной планете продержался недолго, и теперь новая смертельная угроза нависла над жителями Марса. Все начинается с того, что массивный Терраформер, который поддерживал на планете атмосферу, похожую на Земную, был уничтожен. Жить на поверхности теперь стало нереально из-за постоянных торнадо, штормов и других погодных катаклизмов. Чтобы выжить, колонисты отступили в подземные шахты и построили там сеть из обитаемых пещер.

Действие игры происходит в волшебном городе Рио, куда, после похищения, были доставлены, полюбившиеся многим, Злые Птички. В конечном итоге они уходят от похитителей и отправляются спасать своих друзей, Blu и Jewel – редких попугаев и героев мультфилма «Рио».